essa dica parece até contraditoria sendo q o chkdsk é uma ferramenta para corrigir os erros do disco, mas ha casos em que vc realiza e mesmo e ele por comando no CMD (dos) e o mesmo persiste em executar na reinicialização então achei uma boa dica que funcionou certinho.
Iniciar > Executar > Regedit e localize:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM \ CurrentControlSet \ Control \ Session Manager
Altere o conteúdo de BootExecute de autocheck autochk/* para autocheck autochk*
Reinicie
Pode também usar este fix:
Prevent Check Disk Upon Boot
http://www.kellys-korner-xp.com/regs_edits/bootexe.reg